本该聚焦科学理性的转基因辩论一场，最终竟演变成互相辱骂之事，进而发展成对簿公堂的闹剧，崔永元和方舟子在四年时间里头，给所有网民上了一课，那便是网络论战的终点之处，往往是两败俱伤的法院判决书。
2013年9月，崔永元跟方舟子就“转基因食品能不能吃”这个公共议题在微博上面首次展开交锋，那时崔永元对转基因安全性提出质疑，方舟子身为科普作家则是力挺转基因，双方原本应该在科学层面展开探讨，可是不到三个月，争论焦点就从科学问题转变为人身攻击了。
崔永元指责方舟子干过坑蒙拐骗之事，称方舟子是网络流氓头目，方舟子回击崔永元是主持人僵尸、造谣说谎的，这场骂战快速升级，双方开始互相问候对方家人，甚至还牵扯到各自工作单位以及收入来源了呢！
2014年1月，方舟子最先以侵犯名誉权为缘由，把崔永元告到北京市海淀区法院，要求索赔精神损害抚慰金30万元。三个月过去后，崔永元展开反诉，要求索赔67万元。双方于诉讼期间皆提交好多微博截图当作证据，想要证明对方的言论构成侵权。
今年6月的时候，一审法院作出了判决，判定双方都存在侵权言论。法院责令两人把侵权微博删除掉并且公开进行赔礼道歉，与此同时，崔永元要对方舟子赔偿4.5万元，方舟子也要对崔永元赔偿4.5万元。这样一个“各打五十大板”的结果，致使双方都表达了不满。
当天上午9点半，此案件二审于北京市第一中级人民法院开庭公开进行。期间，崔永元的律师在法庭上当场递交了全新的网络截图，其目的在于尝试证实方舟子所参与的安保基金涉及诈骗嫌疑。该律师觉得，崔永元之前在微博里所讲的“黑基金黑到家”是有着事实根据的。
方舟子那一方同样毫不示弱，递交了公证书用以当作反驳的证据。方舟子的律师着重指出，方舟子既不是基金的发起者，又不是基金的管理者，压根就不存在动用资金的权利，所以不存在诈骗的可能性。崔永元的话语纯粹是虚构事实，已然构成了侵权行为，成为了侵权。
在一审判决书里，曾经清晰地指明，尽管争议是由公共议题引发的，然而这并表明恶意人身攻击能够得着“言论自由”的庇护。身为拥有众多粉丝的公众人物，崔永元的言行应该更为慎重。身为拥有众多粉丝的公众人物，方舟子的言行应该更为慎重。
然而，处于二审庭审现场之时，双方律师所展开的辩论，依旧是充斥着浓烈的火药味。方舟子的律师，坚定地声称对方存在故意侮辱诽谤的行为，崔永元的律师却进行反驳，表示“肘子”这类词汇仅仅属于网络用语，并不会致使社会评价有所降低。这样的一种说法，马上遭受了对方的回击：网络用词不规范不可以成为侵权的理由。
赔偿金的数额，变成了二审辩论时的另外一个重点之处。身处方舟子这一方的相关人员觉得，为了维护自身权利，已经花费了数目众多的诉讼方面的费用，然而一审所判定的赔偿金额过低，完全没有办法对所遭受的损失起到弥补作用。所以他们向法院提出请求，希望能够再次评估侵权行为的严重程度。
崔永元那一方秉持着一种看法，认定所有涉及案件的微博均有着事实方面的依据，压根就不应当去承担任何丝毫的赔偿责任呀。双方于这一个问题之上存在着极大的分歧，在法庭之上表明不接纳任何形式的调解，坚定有力地求取法院给出明晰确切的说法呢。
这场历经两年多时间的诉讼，早就超越了单纯的名誉权纠纷所涵盖的范围。自微博骂战开端，直至法庭对峙阶段，崔永元以及方舟子将网络舆论场当中的对立情绪，完完全全地迁移到了庄严的法庭之上。
存在这样一位审理此案件的法官，这位法官正面临着一种两难的境地，这种境地表现为一方面要去保护公民所拥有的名誉权，另一方面还要去努力维护网络环境下的言论自由。并且，双方所提供出来的作为证据的网络截图，对于这些网络截图而言，其真实性以及关联性也都需要进行严格的审查。此案件将会选择在合适的日期进行宣判，然而不管最终的结果到底是怎样的，这场如同闹剧一般的事件都已经给那些参与网络论战的人敲响了警钟。
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